تعنى دائرة صون البيئة البحرية بتنفيذ خطط إدارة المناطق الساحلية والشعاب المرجانية وتشرف على مواقع المحميات الطبيعية البحرية وتساهم في تنميتها وإدارتها بالمشاركة مع الدوائر المختصة, الى جانب اصدار تصاريح الغوص للافراد والشركات، كما تعمل أيضا على جمع البيانات المتعلقة بموارد البيئة البحرية في السلطنة ومتابعة الاتفاقيات الإقليمية والدولية في هذا الصدد والمشاركة كذلك في الدراسات والبحوث وخاصة الدراسات المتعلقة بتأهيل مناطق القرم والخيران المتدهورة
جانب من مهام الدائرة وانشطتها
- المشاركة في الدراسات والبحوث المتعلقة بحماية البيئة البحرية.
- تنفيذ خطط إدارة المناطق الساحلية والشعاب المرجانية.
- جمع البيانات المتعلقة بموارد البيئة البحـرية في السلطنة.
- متابعة الاتفاقيات الإقليمية والدولية المتعلقة بحماية البيئة البحرية.
- وضع القوانين واللوائح التى تنظم تصاريح إدارة البيئة البحرية (الغوص).
- الإشراف على مواقع المحميات الطبيعية البحرية والمشاركة في تنميتها وإدارتها مع الدوائر المختصة.
- إعداد الدراسات الخاصة بتأهيل مناطق أشجار القرم والخيران المتدهورة .
- إعداد وتنفيذ البرامج والاستراتيجيات المتعلقة بحماية الحياة البحرية.